對于病毒感染、飲食不當、消化不良、過敏刺激、氣候突變等原因引起非細菌性腹瀉使用抗生素治療是沒有任何效果的，濫用抗生素可能會對病人產生一定損害。從臨床上來看，如果短期少量用抗生素，可能不會引起太大的妨礙，但如果時間長劑量大，可能導致以下后果：

    1.耐藥菌株增加：患者個體的細菌耐藥性增強，抗生素的療效就會逐步下降，使包括腹瀉在內的多種疾病治療變難。

    2.造成腸道菌群失調、二重感染：廣譜抗生素的使用還可能破壞患者腸道正常菌群的作用，容易繼發菌群失調癥、二重感染，給患者遺留難以恢復的后患。專家舉例說，本來非感染性腹瀉就快好了，結果由于使用抗生素，殺死了有益的細菌又引起腸炎，就會造成二重感染，其中最典型的就是偽膜性腸炎。

    3.毒副作用產生：有些抗生素具有耳毒性和腎毒性。有些還具有肝毒性或者對造血系統有一定影響，還有一些可能影響兒童骨骼、牙齒生長發育。此外妊娠期和哺乳期抗菌藥物使用有可能對胎兒和嬰兒產生不良影響。