2011年8月3日，美國食品藥品管理局（FDA）向公眾發布通告稱，妊娠早期長期大劑量服用抗真菌藥氟康唑（400-800mg/天）可能與一些罕見、顯著的嬰兒出生缺陷的發生有關。但用于治療陰道霉菌感染（念珠菌病）的低劑量氟康唑（150mg）單次服用并不存在這一風險。

子宮內長期暴露于大劑量氟康唑后出生的嬰兒特征包括：短頭、寬頭、面容異常、顱蓋發育異常、唇裂/腭裂、弓形股骨、肋骨及長骨細薄、肌無力、關節畸形以及先天性心臟病。

氟康唑用于陰道、口腔、咽喉、食道等器官的酵母菌感染和某些特定種類真菌引起的腦膜炎的治療，以及對骨髓移植前由于接受化學療法或放射療法而可能發生感染的患者的酵母菌感染的預防。

FDA這一警示信息是基于幾篇已發表的、關于在妊娠早期為治療真菌感染而長期大量服用氟康唑（400-800mg/天）的母親出生的新生兒發生罕見的、顯著的先天異常的病例報告醫學文獻。其中4篇報告是關于母親為治療球孢子菌性腦膜炎而長期大量靜脈內注射氟康唑病例，另外一篇則是關于一位人類免疫缺陷病毒（HIV）陽性的母親為治療陰道念珠菌病而長期大量口服氟康唑病例的報告。與大劑量氟康唑使用相關的病例均具有稱為Antley Bixler癥候群的常染色體性隱性遺傳病的特征，這些先天異常在一般人群中較為罕見，并與動物子宮內暴露氟康唑后產生的異常相似。

妊娠早期長期大劑量使用氟康唑的人體致畸風險的程度尚不清楚。上述5篇病例報告中大劑量長期自宮內暴露氟康唑后發生了顯著的、罕見的出生缺陷顯示了氟康唑引起胎兒異常可能是藥物閾值效應。

但是，醫學文獻中的數據并未顯示妊娠早期低劑量口服氟康唑與先天異常相關。少數幾項已發表的流行病學研究也未顯示低劑量（多數患者僅口服150mg一次）子宮內暴露氟康唑嬰幼兒產生異常。然而，大多數的研究規模太小，以至于無法從總體上精確檢出主要出生缺陷發生增加的風險。此外，這些研究中也沒有一個研究規模足夠大而能精確檢測出罕見的或特定的出生缺陷或癥候群的風險增加。