氣功的理論與中醫基礎理論是一致的，如它們都崇尚傳統哲學中天人合一的整體觀、辯證統一的動靜觀、相互依存的形神觀等。氣功中用得比較多的理論有陰陽五行學說、精氣神學說、藏象學說和經絡學說。

陰陽學說

其在氣功中的應用主要體現在兩個方面，以陰陽劃分氣功的功法，則動功屬陽、靜功屬陰；呼氣為陽，吸氣為陰，存想太陽服日光能溫陽，存想月光服月精能益陰，“動作”屬陽故能避寒、“陰居”屬陰故能避暑。將這兩個方面與練功者的體質或所患病證結合，構成了醫學氣功辨體質選功（練功）、辨證施功的基礎。

五行學說 

五行學說在氣功中的應用，除了一些功法中用來確定練功的方向、時辰外，主要是其在六字訣中的應用。以五行定練功方向、時辰，最有代表性的為《素問·遺篇·刺法論》的記載：“腎有久病者，可以寅時面向南……”腎在五行屬水，“腎有久病”為虛證，“面向南”取南方之火以補之，并含交通心腎之意；“寅時”對應手太陰肺經，肺屬金，此時練功取五行相生中的“金生水”。五行學說在六字訣中的應用，可以說達到了“淋漓盡致”的程度。首先，六字訣革新了古人五行與五音的分屬，棄角、徵、宮、商、羽，代之以噓、呵、呼、呬、吹、嘻，并分別與肝、心、脾（胃）、肺、腎、三焦六者相對應，并延伸至與該臟相關的經絡、關竅、形體、情志等，如噓字訣可用于肝與肝經、膽與膽經以及筋、目、怒等相關病證，體現了整體觀在氣功中的應用；其次，以五行學說指導六字訣養生，具體如“四季卻病歌”謂，“春噓明目木扶肝，夏至呵心火自閑，秋呬定收金肺潤，腎吹唯要坎中安，三焦嘻卻除煩熱，四季長呼脾化餐”，體現了氣功崇尚的天人合一觀；再者，以五行學說指導六字訣的臨床應用，其中數金元四大家之一的劉完素應用得最為嫻熟，他在《素問玄機原病式》中提出了“實則行其本化之字瀉之，衰者行其勝己之字瀉之”的應用原則，并稱之為“殺鬼賊”。《脈望》對此從兩個方面進行了發揮：一是對由“所不勝”（即五行相侮）形成的病證，行“侮我”之臟的字，以使“我”臟不再受侮，如認為肝（木）氣不足是肺（金）之有余之故，用呬字泄之；如心氣不足，是腎之有余，用吹字泄之……二是對實證，按“實則瀉其子”的原則擇字，如“肝有余氣則噓，若噓亦不能引肝氣，則引其子，用呵字瀉心之氣，心氣既行，肝氣自傳……”兩種用法都體現了治病求本的原則，也是氣功療法辨證施治的范例之一。

藏象學說 

八段錦能體現藏象學說的傳統功法。僅在八節功法的名稱中，至少有七節直接與藏象學說有關，試以其中四節說明之。第一節“兩手托天理三焦”，以“三焦”代指全身。第二節“左右開弓上射雕”，古稱“左肝右肺是射雕”，既應用了《素問·刺禁論》“肝生于左，肺藏于右”的觀點，又體現了兩者金木相克、以平為期的關系。第三節“調理脾胃單舉手”，體現了脾主升、胃主降，脾胃升降為全身氣機升降之樞紐之說。第五節“搖頭擺尾去心火”，這一節以馬步下蹲后的“轉腰”為操作要點，“腰為腎之府”，轉腰相當于對腎的間接按摩，功能強腎；腎為水臟，水克火，故腎水上濟能去心火。

經絡學說 

經絡學說與氣功的關系尤其密切，有人甚至認為經絡的發現也與練功有關，如李時珍說：“內景隧道，惟返觀者能照察之。”李氏所說的“內景隧道”指經絡；“返觀”是氣功的一種調心方法，這里代指氣功鍛煉，即認為經絡只有在氣功狀態下才能體會到。氣功學對經絡的認識與應用，李時珍謂“稍與醫家之說不同”。其不同點主要有幾個方面：一是特別重視奇經八脈，尤其是任督兩脈的作用。綜合李氏及他人之論，氣功對任督脈的特征與意義的認識主要表現為：

任督脈的走向與連接 經絡學說認為，任督沖為“一源三歧”，自胞中直上，但任督都是自下而上，并不成環。但氣功學認為，督脈之氣主要自下而上，任脈之氣則自上而下；且兩者在軀干的上下方有兩個“連接點”，由此形成一個完整的環。上面的“連接點”在印堂、鼻竅處，稱為上鵲橋，自百會而下的督脈借此“橋”與任脈相連；下面的“連接點”在尾閭、谷道處，是連接任督脈的又一個點，稱為“下鵲橋”。通過上下鵲橋，任督兩脈成了一個密閉狀態，它們“陰陽相貫，如環無端”。任督脈與周天 古人認為，氣在任督脈中的流動，猶如月亮環繞地球轉、地球環繞太陽轉一樣，周而復始，故將其稱為周天，因其范圍較小，故特稱為小周天，如果在此基礎上再加上其他經脈，則因范圍的擴大而稱為大周天。古人練周天功的目的在于追求健康長壽，它有三個基本要素（習稱“內丹三要”）：鼎爐、藥物、火候，其中的鼎爐又稱爐鼎，指的是丹田，共三處，分別稱為上丹田、中丹田、下丹田，它們的位置，《抱樸子·地真》說：“兩眉間，卻行……三寸為上丹田”，“心下絳宮、金闕，中丹田”，“臍下二寸四分，下丹田”。三個丹田都在任督脈上，這也是氣功特別重視此兩脈的原因，故李時珍說，任督脈“仙不知此，難安爐鼎”。任督脈的兩種“通”法 傳統氣功認為，“八脈，俱屬陰神，閉而不開，惟神仙以陽氣沖開，故能得道”（李時珍引《八脈經》言），這里的“神仙”是指練功（尤其是練周天功）有素者，“得道”是指取得效果；“沖開”與我們現在所說的“通”同意。“通”的方法，中西醫匯通派醫家張錫純將其分為“意通”與“氣通”兩種：“氣通任督者，純憑……內練功夫……日積月累，元氣充足，勃然而動，沖開督脈，以通任脈，有水到渠成之妙。”而“意通”則是“欲行其法者，當收視返聽，一志凝神，使所吸之氣下行歸根。當其吸氣下行之時，即以意默運真氣……”顯然，張氏提倡的“氣通”與上述“陽氣沖開”是一致的，我們平時說的“通周天”、“打通任督脈”也應指“氣通”；而“意通”雖有速度快、感覺（“氣感”）強等特點，但對健康無益，且有出現偏差之慮，故不予提倡。“氣通”周天后，練功者可以在任督脈的部分循行之處，有一定的感覺，如溫熱、麻木、“氣”的“走動”等。對此，練功者既不必驚慌，也不應刻意追求。這種“氣通”，還可在一定儀器上有所反應，如紅外熱像儀可顯示任督脈循行路線上一段或幾段溫度的升高，三個丹田（特別是下丹田）也可用儀器檢測到局部溫度上升。通任督脈的意義 大致有三，首先，通任督可起到調和陰陽的作用，由于任督兩脈分別為“陰脈之海”、“陽脈之海”，“氣通”則此兩脈能平衡陰陽。其次，通任督是觀察全身經脈流通的一個“窗口”，故“人能通此兩脈，則百脈皆通”。再次，通任督是周天功的基礎（筑基功），任督不通則其下周天功的多個步驟均無從入手。至于打通任督脈后可以百病不生、甚至長生不老，或是力大無比、功蓋天下等均無稽之談！而是“借”經絡引氣。在經絡系統中十二經之經氣有固定的走向，如手之三陰從胸走手，但在氣功中，有時可以臨時“借用”并“改變”其經氣的走向，達到養生或療疾的目的。以20世紀50年代由上海市氣功療養所創編的三線放松功為例，它將人體的側面、前面、后面劃分為三條線，其中的第一條線為頭部至手指，該線“借”手三陰、三陽經，通過特定的呼吸方法和心理調節，將頭部多余之氣血，引導至手部；第二、第三條線，分別“借”足三陽、足三陰經，將頭部多余之氣血引導至腳；總的結果是使頭面部（泛指人體上部）多余之氣血（或上逆之氣）引至手足部。已經證明，這一功法對高血壓類疾病，及屬實證的頭痛頭暈病癥，具有肯定的療效。此外，氣功對腧穴的定位較為模糊，沒有針灸推拿學科那樣精確，范圍也較大。以下丹田為例，《針灸大成》言其在臍下二寸，《抱樸子》說它在臍下二寸四分，這一不大的差異在針灸學中卻相差許多，因針“刺”的是一個“點”，而在氣功中是沒有實際意義的，因為練功時“意守”的是一個“面”，《金丹大成》說其范圍“方圓四寸”。