中醫藥學與西醫藥學應該是平起平坐、相互補充而又不能相互取代的兩大醫療保健體系。二者理論與實踐完全不同，不能相互作為證偽的標準，更不能拿西醫藥當作中醫藥的“歷史審判庭”。　　國家科技部信息中心研究員賈謙說，中西醫藥的主要差別是：

　　看問題角度不同

　　中醫藥學從宏觀角度看問題，將人看作一個有機的整體，機體的各部分相互影響。中醫藥有宏觀準確性，缺少微觀精確性；而西醫藥學則從微觀看問題，采用分析法，不把人當成人，而視為各零件的組合，有微觀精確性，卻無宏觀準確性。認識論告訴我們，宏觀可以統帥、包括微觀；微觀只能說明和解釋宏觀，而不能統帥和包括宏觀。因此中醫藥可以同化西醫藥，西醫藥不可能同化中醫藥。也可以說，中醫藥博大精深，再有200年，西醫藥也趕不上、也理解不了中醫藥。在這一點上，我們要有民族自信心。

　　依靠對象不同

　　西醫給人找病，中醫給人找健康。西醫以藥為依靠對象，用藥對抗疾病，如用藥消炎滅菌。中醫則是依靠病人的自我康復能力，雖然有時也用藥直接對抗一些疾病，但用藥主要是借以調動人這一復雜、開放的巨系統的自我組織能力而已。西醫是對抗醫學，中醫是中庸醫學。

　　毒副作用問題

　　西藥是純而又純的單體，結構清楚，作用靶點單一。有人提出，中藥是多靶點作用，其實是不合適的：中藥用于調整而非對抗。西藥由于作用單一，局部對抗，毒副作用很大，歷史上多次重大藥害事故說明了這一點，近年淘汰的PPA又是一例。西藥之毒副作用是其不可克服的一大弱點：食至精則有害，藥至精則有毒。只要辨證論治，配伍得當，中藥幾乎沒有什么副作用；中醫認為是藥三分毒，講究“中病即止”，“效必更方”，從不主張長期大量用藥，幾千年來，沒有哪種中藥因毒副作用被淘汰。